Selepas tamat pengajiannya dari Universiti Perubatan Shimane (kini Fakulti Perubatan Universiti Shimane) pada tahun 1997, Iwata menjadi pelatih perubatan di Hospital Prefectural Chubu Okinawa (ja).[3][4] Pada tahun berikutnya, beliau menjadi seorang doktor yang bekerja di St. Luke's Roosevelt Hospital di Universiti Columbia.[3][4]

Iwata memulakan kerjayanya sebagai seorang doktor pelatih di Mount Sinai Beth Israel pada tahun 2001.[4] Pada tahun 2004, beliau kembali ke Jepun dan diupah oleh Pusat Perubatan Kameda (ja), beliau dilantik sebagai ketua Bahagian Penyakit Berjangkit, ketua Perubatan Penyakit Berjangkit Komprehensif.[3][4] Sejak tahun 2008 beliau berkhidmat sebagai Profesor Ketua Jabatan Klinikal Universiti Kobe.[1][3][4]